@the_good_the_bad_the_ugly - pytanie czym klonujesz i jak oba dyski są podpięte?
Jeśli dyski podpięte są do interfejsu SATA na płycie głównej to kopiowanie danych będzie szło najszybciej (w instrukcji do płyty głównej znajdziesz ile płyta ma kontrolerów SATA i ich szybkości - oczywiście kable SATA też mogą mieć znaczenie).
Jeśli którykolwiek dysk podpięty jest przez USB to wąskim gardłem będzie właśnie USB dla szybkich dysków (nawet jeśli to jest USB 3.x) - no chyba, że masz jakieś stare dyski talerzowe z 5400 RPM.
Klonowanie najszybciej idzie jeśli robisz je na Linuksie (może to być na przykład Clonezilla zabootowana z pendrajwa USB) prosto z dysku na dysk programem DD (bez żadnej kompresji).
W dyskach talerzowych problemem przy klonowaniu dysków (czy jakimkolwiek kopiowaniu danych) mogą być uszkodzone sektory - jeśli dysk ma ich dużo to zdecydowanie wpływa to na szybkość kopiowania danych (do tego skopiowane dane mogą być niekompletne/uszkodzone).
Warto jest przed klonowaniem sprawdzić tablicę S.M.A.R.T. (Self-Monitoring, Analysis, and Reporting Technology) dysku z poziomu BIOSu/UEFi czy przy pomocy jakiegoś programu czy przypadkiem nie raportuje problemów z dyskiem (tutaj masz jak to zrobić: https://www.howtogeek.com/134735/check-ssd-or-hdd-health-with-smart/ ).
Jeśli dysk ma Bad Sectory to polecam ddrescue i ten poradnik jak ratować dane z uszkodzonego dysku: https://www.linux.com/topic/desktop/gnu-ddrescue-best-damaged-drive-rescue/