O ile się dobrze orientuję to faktura wysłana do KSEF już tam zostaje na zawsze, zmienić ją można tylko korektą. Natomiast to czy faktury z KSEF przeniesiesz sobie w twoim programie do zakupów a potem je podasz księgowości to już twoja sprawa. Nie musisz wszystkiego z KSEF uwzględniać w kosztach.

@Majestic12 pierwsze słyszę aby w samym KSeF można było wykasować fakturę. Z założenia, jak coś spieprzysz w fakturze i pójdzie do KSeF, to możesz ją tylko skorygować, więc usuwanie nie miało by sensu. Nie korzystasz, z jakieś platformy biura księgowego, która pobiera te faktury i tam miałbyś ją wykasować/oznaczyć.

Nie skasujesz nic w ksef. Co trafia do ksef zostaje w ksef. Nawet faktury, które mają złą strukturę xml. Ksef przyjmuje jak leci nie weryfikuje. Dostałem już faktury z wartością zerową (mimo tego, że miały towar z cenami) bo nie miały w strukturze podsumowania. Możesz co najwyżej odrzucić fakturę i jej nie przyjąć.

pobieram faktury z ksef
zatwierdzam, te które uznaję
zatwierdzone idą do księgowości
niezatwierdzone mnie nie obchodzą

KSeF nie ma twoich faktur zakupowych tylko czyjeś faktury sprzedażowe. Ty masz jakiś program do wymiany danych pomiędzy Tobą a księgowością, gdzie usuwasz zbędne faktury kosztowe, jak się pomyślisz to zgłosisz do biura a oni pewnie coś kliknąć by pobrało te faktury ponownie z KSeF do tego programu.