W 2013 roku administratorka Elfik32 usunęła wpis na mikroblogu zamieszczony przez jednego z użytkowników, który przytoczył kompromitującą wypowiedź moderatorki. Wpis usunięto z pobudek osobistych, przez co doszło do naruszenia regulaminu. Niefortunne wypowiedzi zostały przypomniane przez użytkowników, którzy potem zostali zablokowani. Wraz z kolejnymi blokadami inni użytkownicy przytaczali ponownie wypowiedzi oraz zamieszczali na portalu akty Elfik32 na tle zboża. Wkrótce potem zamiast zamieszczania zdjęć Elfik32, dodawano znaleziska poświęcone zbożu. Część użytkowników usunęła konta i przeniosła się na konkurencyjne portale. Tzw. „aferę zbożową” wykorzystało przedsiębiorstwo produkujące piwo Ciechan publikując zdjęcia dostawy słodu. Po oświadczeniu Michała Białka doszło do przeprosin Elfik32 za niesłuszne bany, a sprawa ucichła.
W październiku 2016 odbyło się AMA z Jarosławem Sokołowskim. Wielu użytkowników wyraziło oburzenie, zarzucając administracji serwisu promowanie osoby związanej ze światem przestępczym. Mimo prób uspokojenia sytuacji przez administrację, część osób w ramach protestu usunęła konta, zaś inne dodawały duże ilości znalezisk poświęconych „masie”, utrudniając korzystanie z serwisu.
W grudniu 2018 ujawniono masowe rozpowszechnianie pornografii dziecięcej przez część użytkowników portalu.
W sierpniu 2021 portal Spider’s Web ujawnił przejawy powszechnego trollingu na portalu, w tym kradzież i sprzedaż danych innych użytkowników, zastraszanie ich oraz groźby przemocy fizycznej, przy zupełnym braku moderacji ze strony właścicieli Wykopu. Po publikacji tekstu portal otrzymywał maile z pogróżkami.
Warto też wspomnieć o przejmowaniu kont przez "Rumuna" i notorycznym publikowaniu zabronionych treści na nocnej, które usuwane są przez moderację dopiero rano po upływie kilku godzin.
