Klasztor Sakya mieści ogromną bibliotekę liczącą aż 84 000 książek na tradycyjnych stosach o długości 60 metrów i wysokości 10 metrów. Większość z nich to pisma buddyjskie, chociaż obejmują one także dzieła literackie, historyczne, filozoficzne, astronomiczne, matematyczne, rolnicze i artystyczne. Jedno pismo święte waży ponad 500 kg i jest najcięższe na świecie. W kolekcji znajduje się również wiele tomów rękopisów z liści palmowych, które są dobrze zachowane ze względu na suchy klimat regionu. W 2003 roku biblioteka została zbadana przez Tybetańską Akademię Nauk Społecznych. Klasztor rozpoczął digitalizację biblioteki w 2011 roku. Od 2022 roku wszystkie księgi zostały zindeksowane, a ponad 20% zostało w pełni digitalizowanych. Mnisi utrzymują teraz cyfrową bibliotekę wszystkich zeskanowanych książek i dokumentów. Jak do tej pory tylko 5% książek zostało przetłumaczonych.
