Wie ktoś jaka jest najlepsza praktyka i najbezpieczniejsza praktyka odpalania zewnętrznych binarek z PHP ?

Ogólnie chce za pomocą PHP wysłać plik na serwer potem ma być przepuszczony przez binarke na serwerze w innym języku i potem wynik zwrócony do PHP.

I ogólnie potrzebuje tylko naprowadzenia żeby czasem nie zrobić jakiejś gafy z bezpieczeństwem